M-Files sistemi üzerinde yetkilendirme büyük bir rol oynamaktadır. Sınıf bazında verdiğimiz izinler olduğu gibi, gerekli durumlarda tek bir dokümana da yetkilendirme yapmak mümkündür. İzinlerini değiştirmek istediğiniz dokümanının metadata kartına girip izinler sekmesinden “Düzenle” düğmesini kullanarak, izinler penceresine ulaşılır. Bu pencereden, üstteki “Tanımlanmış Erişim Denetim Listesini Kullan” kutusundaki işareti kaldırıp, listenin altındaki “Ekle…” düğmesini kullanarak yetki vermek istenilen kullanıcılar seçilir. Daha sonra en altta bulanan izinler alanından gerekli izinler verildikten sonra sadece bu doküman için seçilmiş kullanıcılar yetkilendirilmiş olmaktadır.