M-Files doküman yönetim sistemi içerisinde bulunan dokümanları veya nesneleri silebiliriz ya da tamamen yok edebiliriz.Bir belgeyi silmek için belgenin üzerinde sağ tıklayıp sil dememiz yeterlidir. Ya da belgemiz seçili iken görev çubuğu üzerindeki kırmızı çarpı işaretine tıklayarak da belgemizi silebiliriz. Sil dediğimizde karşımıza onaylama ekranı gelecektir. Burada evet dediğimizde dosyamız silinmiş olur.


                             


Yönetici haklarına sahip bir kullanıcıda bu ekranda Tamamen Yok Et seçeneği de görünür. Normal kullanıcılarda böyle bir seçenek yoktur. Dolayısıyla normal kullanıcılar dokümanı sistemden tamamen yok edemezler. Tamamen Yok Et işaretleyip tamam dediğimizde ise dokümanımız kalıcı olarak silinecektir. Sil ve Tamamen Yok Et arasındaki fark şudur : Sil komutunu kullandığımızda doküman kalıcı olarak silinmez.İlgili izne sahip kullanıcı örneğin sistem yöneticisi o belgeyi geri getirebilir. Normal kullanıcının böyle bir yetkisi yoktur. Tamamen Yok Et dediğimizde ise doküman sistem yöneticisi tarafından da geri getirilemez ve M-Files içerisinden kalıcı olarak kaldırılmış olur.